Drugi problem dotyczy akredytacji. Zgodnie z obecnie obowiązującymi przepisami uczelnia może utworzyć i prowadzić kierunek studiów magisterskich, jeżeli spełnia wymagania dotyczące minimum kadrowego nauczycieli akademickich zatrudnionych w uczelni oraz wymagania dotyczące proporcji liczby nauczycieli akademickich posiadających tytuł naukowy profesora lub stopień naukowy doktora habilitowanego do liczby studentów na danym kierunku studiów (Rozporządzenie Ministra Edukacji Narodowej i Sportu z dnia 28 marca 2002 r. w sprawie warunków, jakie powinna spełniać uczelnia, aby utworzyć i prowadzić kierunek studiów, oraz nazw kierunków studiów, §1). Wynika z tego jasno, że uczelnia, której większość pracowników nie posiada nawet stopnia doktora habilitowanego nie może uzyskać akredytacji Państwowej Komisji Akredytacyjnej i wydawać ważnych w Polsce dyplomów ukończenia studiów.
Problem akredytacji jest jednak bardziej złożony niż to wygląda na pierwszy rzut oka. Projekt zalecenia Rady Europy dotyczący współpracy w dziedzinie kontroli jakości w szkolnictwie wyższym z dnia 14 października 2004 nr 2004/0239 (COD) (dostępny również na stronie http://www.ii.uni.wroc.pl/~psw/index.php/psw, przewiduje powstanie europejskiego rejestru komisji akredytacyjnych. Zgodnie z tym zaleceniem, uczelnia będzie mogła samodzielnie wybrać dowolną komisję akredytacyjną z podanego rejestru, która najbardziej odpowiada jej profilowi pod względem stosowanych kryteriów oceny. Hipotetycznie, działający w Polsce EIT będzie mógł uzyskać pozytywną akredytację dowolnej europejskiej komisji akredytacyjnej, a państwo polskie będzie musiało uznać wydawane przez uczelnię dyplomy za ważne, bez względu na liczbę pracowników posiadających stopień doktora habilitowanego.
Rozważany przypadek EIT może nie być jedynym, w którym dotychczas stosowane kryteria akredytacji nie będą zgodne z prawem unijnym. Hipotetycznie, działający w Polsce prywatny instytut badawczy, taki jak np. BioInfoBank Institute http://bioinfo.pl/, który posiada znaczący dorobek badawczy, mimo że nie zatrudnia ani jednego pracownika ze stopniem doktora habilitowanego, może przekształcić się w uczelnię wyższą i uzyskać pozytywną akredytację wybranej komisji akredytacyjnej z europejskiego rejestru.